คณะอุตสาหกรรมเกษตร จะผลิตบัณฑิตที่มีคุณภาพได้มาตรฐานการศึกษา มีความเป็นเลิศทางวิชาการมีความสามารถทางวิชาชีพ ตรงตามความต้องการของอุตสาหกรรมเกษตร มีคุณธรรมและมีความรับผิดชอบต่อสังคม

คณะอุตสาหกรรมเกษตร มีคณบดีเป็นหัวหน้าหน่วยงาน รับผิดชอบในระดับคณะ รองคณบดีและผู้ช่วยคณบดีรับผิดชอบงานในแต่ละฝ่าย เลขานุการคณะเป็นผู้รับผิดชอบงานของสำนักงานเลขานุการ

สำนักงานเลขานุการ จัดตั้งขึ้น โดยเป็นส่วนหนึ่งของคณะอุตสาหกรรมเกษตร ในปี พ.ศ. 2523 ตามประกาศการแบ่งส่วนราชการในราชกิจจานุเบกษา ฉบับลงวันที่ 3 มิถุนายน 2523 โดยในระยะเริ่มก่อตั้งคณะอุตสาหกรมเกษตร มีหน่วยงานในสังกัดรวม 5 หน่วยงาน คือ ภาควิชาเทคโนโลยีการบรรจุ ภาควิชาเทคโนโลยีชีวภาพ ภาควิชาพัฒนาผลิตภัณฑ์ ภาควิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร และสำนักงานเลขานุการ สำนักงานเลขานุการ เป็นหน่วยงานในสังกัดคณะอุตสาหกรรมเกษตร มีฐานะเป็นเทียบเท่าภาควิชา ปฏิบัติหน้าที่เป็นฝ่ายสนับสนุนงานด้านวิชาการและด้านบริหารของคณะอุตสาหกรรมเกษตร อำนวยความสะดวกด้านงานการเรียนการสอนและการวิจัย งานการเจ้าหน้าที่ งานบริการทางวิชาการ งานอาคารสถานที่และยานพาหนะ ห้องสมุดและศูนย์คอมพิวเตอร์ ให้ดำเนินไปอย่างมีประสิทธิภาพ โดยได้รับอนุมัติจาก กม. ให้มีการแบ่งโครงสร้างสำนักงานเลขานุการออกเป็น 3 ส่วน คือ งานบริหารและธุรการ งานคลังและพัสดุ และงานบริการการศึกษา